黄克诚作为第四师第三团的政委，也一度成为团肃反委员会主任。
在蒋介石即将大规模“围剿”苏区之际，上级提出“阶级决战”的口号，要求清除混进革命队伍的地主、富农、“AB 团”等反革命分子，黄克诚是赞成和拥护的。
因而，肃反伊始，黄克诚还是忠实地执行了上级的指示，在全团清除“AB团”，一下子打掉了一百多人。
但是，随着肃反工作的深入进行，黄克诚越来越感到疑惑。“AB 团”越抓越多，那么多反革命混在队伍中，红军还能够打修水、克长沙、攻吉安，取得一系列战斗胜利，让人难以相信。特别是广大战士勇猛冲锋，出生入死，竟然冒出许多人是“反革命”？！
黄克诚开始认真地反思了。他日益感到这场肃反斗争有问题，心里更加内疚和悲愤。那么多战士被杀掉了，那么多优秀干部死在自己同志的刀下..
中央苏区第一次大规模的肃反运动逐渐进入了尾声。黄克诚在痛定思痛之后，还是不能原谅自己，他后来回忆说：
在这次肃反打“AB 团”扩大化的错误行动中，我对“AB 团”的存在及其危害性，对“阶级决战”的口号和所谓“地主富农钻进革命阵营内部破坏革命”的事实，开始一段深信不疑，对上级的指示和部署，完全是自觉地遵守执行，从而，铸成了遗憾终生的大错，至今回想起来，犹感沉痛不已。如果要细算历史旧帐，仅此一笔，黄克诚颈项上这颗人头是不够抵偿的。由于这次错误的教训太惨痛了，使我刻骨铭心，毕生难忘，所以，以后凡是碰到搞肃反、整人之类的政治运动时，我就不肯盲从了。①1931 年1 月，东韶。
天色已经大亮，云消雾散之后，山头抹上一层红色的阳光。眼前这一切使人很难想象，就在几天前，这里曾经是硝烟弥漫，杀声震天的战场。国民党谭道源师就在这里被红军打得一败涂地，三千多人就地被俘。
红三军团第四师在东韶休息好几天了。第四师新任代政委兼政治部主任黄克诚抓住这难得的间隙，举办了一个短期军事政治训练队。
黄克诚是老资格的部队政治工作者，回顾自己参加革命军队后的种种经历，使他亲身感受到政治工作的重要性不亚于军事指挥，一个优秀的军事指挥员应该也具备一定的政治工作素质。黄克诚将目光对准了那些在四师最基层的“干部”一班长。他从全师抽调了二十多名年轻有为的优秀班长，举办了一个短期政治军事训练队，为部队培养基层骨干。
训练队的训练是严格而又正规的。黄克诚为此付出了很大的精力与心血。他亲自给学员们授课，讲授如何去做政治工作，同时督导学员们进行必要的军事培训。
时值中央苏区第一次反“围剿”胜利不久，黄克诚与苏区的广大将士一样，心境格外愉快。
亲身经历第一次反“围剿”作战，使黄克诚有幸目睹毛泽东那高超的军事指挥艺术：蒋介石十万兵力分进合击，妄图一举歼灭红一方面军。毛泽东提出了“诱敌深入”的作战方针，以小股兵力诱敌就我范围，主力部队则秘密集结于黄陂、小布地区，以逸待劳，待敌战线拉长，兵力分散，士气低落，红军主动出击，五天内取得龙冈、东韶两战两捷，歼敌一万六千余人，活捉敌前线总指挥兼十八师师长张辉瓒，整个战役打得痛快淋漓！正像后来毛泽东写的反映这次反“围剿”的著名词章《渔家傲》所描述的那样：
万木霜天红烂漫，
天兵怒气冲霄汉。
雾满龙冈千嶂暗，
齐声唤，
前头捉了张辉瓒。
时间过得真快，两个多月过去了。
第四师政委石恒中病愈归队。上级随即传来命令，调派黄克诚到第三师担任政治委员兼政治部主任。
军事政治训练队也随之结业了。学员们经过短期训练，派到了各连担任政治委员。
后来，这些学员当中不少人成为红军的优秀指挥员。其中杨勇还成为中华人民共和国开国上将。
东韶通往乐安招携镇的山间小路上，黄克诚独自一人，手牵着一匹白马，不紧不慢地走着。
马背上是一件简单的行李，里面是黄克诚的随身生活用具。阳春三月，春的气息已经很浓了。
五颜六色的花朵，绿草新枝，沉浸在徐徐春风里。沿途的老百姓喜气洋洋，分田分地正忙。
黄克诚沐浴在这一片春光里。
他将要到红三军团第三师赴任了。经历了多次升降起伏，多次被指责批判之后，黄克诚反而更加成熟了，这使他有更多的机会去冷静地思考党内存在的一些问题。不盲从，逐渐成为他做人、行事，乃至更好地为党和人民工作的重要准则之一。一进招携镇，三师师长彭邀已经闻讯前来迎接了。
黄克诚急忙迎上前去，与彭邀高兴地握手致意。
彭遨一脸络腮胡子，开朗爽直。黄克诚与他以前就认识。他知道彭邀毕业于长沙楚怡工业学校，也是湖南人，作战勇敢，指挥果断，是红三军团最出色的指挥员之一。能够与这样的同志共事，黄克诚心情十分舒畅。
黄克诚刚刚安顿好，来不及休息，便投入了紧张而繁忙的工作中。
打土豪、筹款、扩军、协助地方党委作群众工作，一切忙忙碌碌。
这时，黄克诚得知中央苏区成立了苏区党的中央局。根据中央决定，周恩来、项英、毛泽东、朱德等为中央局成员，以周恩来为书记，但是，周恩来正在中央工作，一时难以脱身。于是，中央就派项英带领一部分干部先行进入中央革命根据地，并代理中央局书记。
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